روده انسان حاوی تعداد زیادی از انواع باکتری‌های مفید، مضر و خنثی است که در حالت تعادل دارند. به هم خوردن این تعادل موجب مختل شدن وظایف فلور روده شده که منجر به بیماری‌هایی نظیر آلرژی‌های غذایی، سر درد، افسردگی، آکنه و … خواهد شد. مصرف پبروبیوتیکها سبب بهبود مشکلاتی از جمله عدم تحمل لاکتوز، یبوست، اسهال و آلرژی‌های غذایی شده و همچنین باعث حفظ و تقویت فلور طبیعی دستگاه گوارش می‌شود. محصولات پروبیوتیک اغلب بر پایه باکتری‌های اسیدلاکتیک و بیفیدوباکتریوم‌ها تولید می‌شوند. این میکروارگانیسم‌ها قسمت اصلی میکروفلور روده بوده و در غذاهای تخمیری نیز موجود هستند. این باکتری های مفید نقش مهمی در بهبود عملکرد سیستم ایمنی دارند.